Елена Мухтиярова родилась 25 сентября 1980 года в городе Артем, Приморский край. После школы, в 2002 году завершила курс обучения в Московском университете потребительской кооперации по специальности «Бухгалтерский учет и аудит», «Экономист». Получив диплом устроилась главным бухгалтером в коммерческой организации.
В период с 2005 по 2008 год работала главным специалистом, консультантом, заместителем начальника, начальником отдела методического обеспечения кассового исполнения бюджетов Управления совершенствования функциональной деятельности Федерального казначейства.
С 2008 года на протяжении трех лет занимала должность начальника отдела методологии исполнения бюджетов по расходам Департамента бюджетной политики и методологии Министерства финансов Российской Федерации.
Мухтиярова в 2014 году перешла на пост заместителя министра финансов Московской области. В 2017 году назначена Первым заместителем министра экономики и финансов области. Присвоен чин Государственный советник второго класса.
С июня 2018 года являлась директором Департамента финансов и организации бюджетного процесса Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
Мухтиярова Елена Вячеславовна 5 февраля 2019 года назначена на должность Министра экономики и финансов Московской области.
На заседании Московской областной Думы 28 октября 2019 года, в рамках часа правительства депутаты заслушали доклад Елены Мухтияровой о реализации национальных проектов в регионе. В ходе выступления министр экономики и финансов Подмосковья рассказала, что они ставят конкретные задачи, которые должны быть решены до 2024 года. На нацпроекты выделено 119,5 миллиардов рублей из бюджета области и 15,8 миллиардов рублей из федерального.
Елена Мухтиярова 21 февраля 2020 года распоряжением председателя Правительства России Михаила Мишустина назначена заместителем министра труда и социальной защиты РФ.