Родился в 1959 году в Комсомольске-на-Амуре Хабаровского края.
В 1984 году окончил Свердловский юридический институт. Профессиональную деятельность в органах прокуратуры начал в должности стажера прокуратуры Комсомольска-на-Амуре.
В разное время работал старшим следователем этой же прокуратуры, заместителем прокурора Центрального района, прокурором Ленинского района Комсомольска-на-Амуре, прокурором Комсомольского района Хабаровского края, заместителем прокурора Хабаровского края.
С октября 2007 года занимал должность первого заместителя прокурора Хабаровского края. Николай Пилипчук награжден нагрудным знаком "Почетный работник прокуратуры Российской Федерации.
В феврале 2009 года назначен прокурором Амурской области.